白河上皇為了有效控制堀河天皇，于寬治七年（1093）二月，讓15歲的堀河天皇迎娶自己的妹妹（后三條天皇第四皇女）、原賀茂齋院篤子內親王為女御。不久之后，堀河天皇又被迫將自己的姑母篤子內親王立為中宮。后來，權大納言藤原實季的女兒藤原苡子入宮，成為堀河天皇的女御。
嘉保元年（1094）三月八日，藤原師實辭去關白一職。次日，藤原師實之子藤原師通繼任關白。永長元年（1096）八月九日，白河上皇出家，做了“法皇”。但他既不受戒，也不起法號，依舊牢牢抓住國家權柄不放。康和元年（1099）六月二十八日，年僅38歲的藤原師通去世。由于此時藤原師通長子藤原忠實資歷善淺，還沒有出任關白的資格，因此暫時擔任內覽。康和三年（1101）二月十三日，藤原師實去世（60歲）。藤原師實與藤原師通擔任攝關期間，雖然白河上皇（法皇）開啟院政，獨攬大權，但父子二人在任期間還是極力維護藤原氏權威，并在暗中與白河上皇（法皇）進行爭斗，使得朝廷上下取得微妙的平衡。藤原師實與藤原師通去世后，藤原氏再也沒能延續祖輩的權勢，朝廷也徹底失去了制衡院政的力量。
康和五年（1103）正月，藤原苡子為堀河天皇生下第一皇子宗仁親王（鳥羽天皇）不久后去世（28歲）。于是宗仁親王由祖父白河法皇養育。白河法皇十分疼愛這位嫡長孫，于同年八月十七日將其冊立為皇太子。與此同時，白河法皇似乎對冊立剛出生的宗仁親王為皇太子一事有所愧疚，他對著父親后三條天皇的陵墓，就自己無視其遺志的行為請罪道歉，并稱宗仁親王是“圣靈（后三天天皇）嫡曾孫”，請求庇佑。
然而，后三條天皇好像并不原諒白河法皇。到處都在傳布堀河天皇的體弱多病與后三條天皇的怨靈作祟有關。嘉承二年（1107）七月十九日，堀河天皇以在位之身因病去世（29歲）。白河法皇于是親自下詔，把年僅5歲的宗仁親王推上皇位，即鳥羽天皇。“由此，創造了由院決定皇位繼承人的先例”。此時，首先要做的就是任命攝政。當時鳥羽天皇母親藤原苡子的兄長藤原公實是白河法皇的親信，他希望以外戚身分擔任攝政。但由攝關家的嫡系來出任攝政已經成為慣例。最終，白河法皇還是選擇了任命與鳥羽天皇沒有外戚關系的藤原忠實為攝政（前一年已被任命為關白）。或許是因為失去攝政的地位受到了打擊，藤原公實在三個多月后去世（55歲）。
嘉承三年（1108），改元天仁。天仁三年（1110），改元天永。天永四年（1113）正月一日，鳥羽天皇元服，攝政藤原忠實為其加冠，左大臣源俊房為其理發。此時皇室女子中并沒有送入后宮的合適人選。為此，攝政藤原忠實希望能將女兒藤原泰子送入皇宮成為鳥羽天皇的女御，同時讓兒子藤原忠通迎娶白河法皇的義女藤原璋子（生父為藤原公實）。當時，白河法皇所寵愛的白川殿夫人希望義女藤原璋子能成為鳥羽天皇的中宮，便暗中向白河法皇進言。一直致力于削弱藤原家勢力的白河法皇于是將藤原璋子送入后宮，并立為中宮。不久之后，藤原璋子生下長子顯仁親王（崇德天皇）。
天永四年（1113）還發生了一件重要的事件，即輔仁親王的護持僧仁寬詛咒并企圖暗殺鳥羽天皇。盡管真相不明，但仁寬仍被流放到伊豆國，仁寬的父親左大臣源俊房以及其他兄弟也都受到牽連，仕途終結，輔仁親王則受到禁閉的處罰，這便是“仁寬事件”。白河法皇通過“仁寬事件”，最終對后三條天皇遺愿帶來的輔仁親王問題進行了清算。
保安元年（1120），藤原忠實趁白河法皇行幸熊野之際，向鳥羽天皇提出讓女兒藤原泰子入宮成為女御的請求。白河法皇回宮聽說此事后，下旨暫停了他關白及內覽之職，并責令其閉門思過，禁止其處理政務。其后，白河法皇下旨說：“父親是父親，兒子是兒子。父親的罪過，與兒子沒有關系”，任命藤原忠實長子藤原忠通為內覽。但藤原忠通回答道：“自己的父親獲罪被廢除官職，兒子不為父親申述，反而取代其職位，這是不孝順的表現。何況我們家族世代擔任此職。”白河法皇聽后十分感動，于是撤銷了對藤原忠實的責罰，并任命藤原忠通為關白。然而，藤原忠實卻認為，藤原忠通應該向白河法皇請求恢復自己的職務，而不應該僅向白河法皇請求免除自己的責罰，由此父子二人之間開始有了嫌隙。此時，藤原忠通雖然名為關白，但實權仍然掌握在藤原忠實的手中。值得注意的是，在此之前，攝關的任命權主要取決于前任，現在則完全由上皇決定。
白河法皇責罰藤原忠實的原因，不僅僅是對其秘密策劃讓女兒進宮不滿，而且包含使鳥羽天皇屈服之意。保安四年（1123）正月二十八日，在白河法皇的安排之下，鳥羽天皇退位，年僅5歲的顯仁親王同一天完成立太子和踐祚儀式，是為崇德天皇。由關白藤原忠通攝政。同年二月二日，鳥羽天皇獲得太上天皇尊號，出現了天皇、上皇、法皇三皇并立的奇特現象。此后，白河法皇稱為“本院”，鳥羽上皇成為“新院”，實權仍由白河法皇掌握。
保安五年（1124），改元天治。天治三年（1126），改元大治。大治四年（1129），崇德天皇元服，藤原忠通為其加冠，右大臣源家忠為其理發。次年，藤原忠通將女兒藤原圣子送入崇德天皇的后宮，并被崇德天皇立為中宮。但崇德天皇不久后寵幸兵衛佐局，還生下第一皇子重仁親王，這引起了藤原忠通的不滿。
根據《平家物語》記載，白河法皇曾經感慨道：“賀茂川的水，雙六的骰子，比叡山的法師，這些都是不能隨我心的”。“賀茂川的水”代表天災，“雙六的骰子”代表運氣，“比叡山的法師”代表了宗教神明。白河法皇所要表達的意思是：除了天災、運氣和神明不能隨我心之外，其他人間之事，他都稱心如意。
大治四年（1129）七月，白河法皇去世（77歲），鳥羽上皇開設院政，開始把持朝政。鳥羽上皇一反白河法皇的政策，重新起用被白河法皇疏遠、在家閉門思過的藤原忠實，同時違背白河法皇的遺言，將藤原忠實的女兒藤原泰子迎入宮中成為女御，并將其立為皇后，以鞏固自己的院政。“天皇退位之后依然可以收納女御進入后宮并冊立為皇后，就是這時候開的先河。”不過，此時藤原泰子已經年近四十，于是鳥羽上皇又迎娶了其他女性，希望藤原璋子之外的女子能為自己生下皇子。最終，鳥羽上皇選中的是藤原得子。
另一方面，鳥羽上皇與崇德天皇之間素有嫌隙。根據《古事談》記載，藤原璋子與養父白河法皇一直有奸情。藤原璋子入宮后，仍與養父白河法皇私通，世人都說崇德天皇是白河法皇的私生子。鳥羽上皇也知道這件事，他還故意把崇德天皇召至御前，挖苦地稱呼他為“叔父子”，即崇德天皇既是自己的叔父，又是自己的兒子，導致雙方都十分不快。
藤原得子被封為女御后，逐漸取代了中宮藤原璋子和皇后藤原泰子，越來越受鳥羽上皇寵愛。不久之后，藤原得子為鳥羽上皇生下兒子體仁親王。此時，除了崇德天皇之外，鳥羽上皇還有次子通仁親王、三子君仁親王。雅仁親王是鳥羽上皇的第四子。但通仁親王被稱為“目皇子”，君仁親王被稱為“痿皇子”，都是病弱之軀，只有四子雅仁親王身體健康。
保延五年（1139），鳥羽上皇將藤原得子所生的小皇子體仁親王冊立為皇太弟。永治元年（1141）三月十日，鳥羽上皇出家，成為“法皇”。同年十二月七日，鳥羽法皇迫使崇德天皇將皇位讓給“皇太弟”體仁親王，是為近衛天皇，關白藤原忠通擔任攝政。原本天皇退位后，可以作為新任天皇的父親實行院政，但近衛天皇是作為皇太弟即位，因此崇德上皇只能成為新任天皇的兄長，無法實行院政。從此鳥羽法皇被稱為“本院”，崇德上皇被稱為“新院”。朝中大事均有鳥羽法皇裁決。由此，鳥羽法皇與崇德上皇之間的矛盾也更深了。
除了上皇與法皇之外，攝關家之間也有矛盾。藤原忠通的異母弟藤原賴長博學多才，深受父親藤原忠實偏愛，且與自己素來不和。憑借父親的關系和自己的才能，藤原賴長的官位晉升很快，于久安五年（1149）升任從一位左大臣，凌駕于兄長藤原忠通之上。藤原賴長性格苛烈、待人嚴厲，朝臣們朝會時，如果有晚到者，或者觀點與自己不同者，往往都會遭到他的侮辱，甚至被其焚燒宅邸，因此得到了“惡左府”的綽號。
久安六年（1150年）正月，近衛天皇元服，藤原忠通為其加冠，藤原賴長為其理發。與此同時，藤原忠通由攝政改任關白。近衛天皇元服后，藤原賴長將內大臣德大寺公能女兒藤原多子收為義女并送入后宮，希望將來能夠成為外戚，進而接替藤原忠通成為關白。藤原忠通對此針鋒相對，也將權大納言藤原伊通的女兒藤原呈子收為義女并送入后宮。
此時，藤原賴長希望擔任內覽一職，于是藤原忠實告訴藤原忠通，希望他將內覽傳給藤原賴長，等日后藤原賴長再傳給他的子孫。但是，藤原忠通沒有答應，并對鳥羽法皇說：“賴長資性兇險，彼若扶幼主，四海被其禍。”藤原忠實得知此事后十分憤怒，派士兵至藤原忠通家中，奪取藤原氏長者的信物朱器臺盤，授予藤原賴長，由藤原賴長擔任藤原氏長者。所謂氏長者，“通常由一族中地位最高的人擔任，掌管氏神的祭祀，擁有推舉同族的人擔任從五位一下職位的權限”。藤原氏的族長一直兼任攝關職務，身為關白卻被剝奪了藤原氏長者之位，“這是從來沒有的事情”，“也是一個不祥事件”。
此外，藤原忠通的宅地、莊園等也被奪走。當時，藤原忠通正準備為嫡子藤原基實舉行加冠禮，因藤原氏長者的地位被奪只能被迫中止。而后藤原基實舉行元服禮時，只有藤原宗能、藤原忠基、藤原經定等少數公卿參加。藤原忠實甚至還逼迫藤原忠通讓出關白之職，但藤原忠通堅持不讓，鳥羽法皇也反對，因此藤原忠通最終保住了關白之職。由此，藤原忠通與父親和弟弟之間的矛盾越來越深。總的來看，這一時期關白藤原忠通被左大臣、藤原氏長者藤原賴長所壓制。
從攝關政治發展到院政，實質上就是從由攝關家決定皇嗣的外戚政治發展為由上皇決定皇嗣的家父長制。在院政政治中，皇子們為了爭奪天皇家家父長的位置，促使皇位繼承的矛盾更加尖銳化。久壽二年（1155）七月二十三日，體弱多病的近衛天皇早逝（17歲）。由于近衛天皇去世時沒有子嗣，皇室內部圍繞皇位繼承人的問題，發生了激烈的斗爭。崇德上皇希望自己重祚，或是傳給自己的兒子重仁親王；鳥羽法皇主張由自己的兒子雅仁親王（崇德上皇的弟弟）或者近衛天皇的姐姐暲子內親王繼位。為了皇位繼位問題，藤原氏內部也出現對立。關白藤原忠通支持鳥羽法皇和雅仁親王，而左大臣藤原賴長擁護崇德上皇。
最后，繼承皇位的是鳥羽法皇的兒子雅仁親王，即后白河天皇。此時，鳥羽法皇與崇德上皇二人圍繞皇統的對立，已經到了水火不容的地步，這也為之后保元之亂的爆發埋下伏筆。
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大日本史 卷之一百四十二 列傳第六十九
https://miko.org/~uraki/kuon/furu/text/dainihonsi/dns142.htm
大日本史 卷之一百四十六 列傳第七十三
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大日本史 卷之一百四十八 列傳第七十五
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