崇德天皇在白河法皇去世后，一直被開設(shè)院政的鳥羽上皇牢牢控制，甚至被脅迫退位，因此一直郁郁寡歡。久壽二年（1155）七月近衛(wèi)天皇去世后，崇德上皇希望由自己的兒子重仁親王繼位。但是，重仁親王的生母兵衛(wèi)佐局出身低微、毫無權(quán)勢(shì)，而且鳥羽法皇也不希望把皇位交給由白河法皇所指定的崇德上皇的血統(tǒng)。
在智囊親信信西（藤原通憲）的謀劃下，鳥羽法皇最終下詔命第四子、近衛(wèi)天皇的兄長雅仁親王（29歲）繼位，是為后白河天皇。藤原忠通繼續(xù)擔(dān)任關(guān)白。同年九月，后白河天皇的第一皇子守仁親王被冊(cè)立為皇太子（二條天皇）。實(shí)際上，后白河天皇只是被作為臨時(shí)過渡的天皇，由藤原得子養(yǎng)育的守仁親王才是“近衛(wèi)天皇后繼者”。至此，崇德上皇建立院政的愿望徹底破滅。
心生不滿與怨恨的崇德上皇于是開始秘密謀劃，企圖讓自己重祚，然后再讓位給重仁親王，并將此事告知了一部分心腹。此時(shí)，左大臣藤原賴長因被鳥羽法皇懷疑詛咒近衛(wèi)天皇而被疏遠(yuǎn)，已經(jīng)完全失去了成為關(guān)白的希望。于是，心有不甘的藤原賴長與崇德上皇一拍即合，決定為實(shí)現(xiàn)各自的夙愿共進(jìn)退，開始謀劃如何奪取權(quán)力。
久壽三年（1156）四月，后白河天皇改元保元。同年五月，鳥羽法皇病重。鳥羽法皇在病重前便注意到崇德上皇與藤原賴長的頻繁往來。隨著病情不斷加重，鳥羽法皇開始召集平清盛和源義朝等武士，命他們向自己和藤原得子遞交誓書，宣布效忠，并囑咐信西要盡力協(xié)助關(guān)白藤原忠通，還秘密交代后白河天皇，如果發(fā)生萬一之事，便與藤原忠通、信西商議，并命平清盛、源義朝等人護(hù)衛(wèi)。
保元元年（1156）七月二日，歷經(jīng)崇德、近衛(wèi)、后白河三代天皇的鳥羽法皇去世（54歲）。崇德上皇聽說鳥羽法皇病重后曾前往探病。但在這非常時(shí)期，鳥羽天皇的住所大門緊閉，守衛(wèi)森嚴(yán)，所有人如果不是鳥羽法皇召見，均不得入內(nèi)。因此，崇德上皇也被阻攔，沒能見到鳥羽法皇。鳥羽法皇去世后，崇德上皇甚至連其葬禮也未能參加。
面對(duì)鳥羽法皇去世后的緊張局勢(shì)，后白河天皇命令檢非違使嚴(yán)禁京中武士的行動(dòng)。接著，有傳言稱藤原忠實(shí)和藤原賴長將動(dòng)員諸國莊園的武裝，發(fā)動(dòng)叛亂。后白河天皇于是命令諸國國司禁止武裝集結(jié)進(jìn)京，并派遣源義朝率先攻擊了藤原賴長的宅邸東三條殿，并將殿中的財(cái)物沒官。沒官意味著提前定性藤原賴長為謀反，而藤原氏長者被判謀反是前所未聞的。事實(shí)上，藤原賴長此時(shí)并沒有采取任何行動(dòng)。有學(xué)者認(rèn)為，“這一切都是信西為將賴長逼入絕境而設(shè)計(jì)的陰謀”。
保元元年（1156）七月九日深夜，崇德上皇突然和少數(shù)親信秘密離開鳥羽田中殿，進(jìn)入妹妹統(tǒng)子內(nèi)親王的御所。但作為皇子的重仁親王沒有同行。第二天，崇德上皇又前往鄰近的白河北殿。已被認(rèn)定為謀反的藤原賴長得知崇德上皇進(jìn)入白河北殿后，帶領(lǐng)家臣一同前往。
此時(shí)，崇德上皇與藤原賴長陣營集結(jié)了包括平清盛叔父平忠正、源義朝父親源為義以及平家弘、源賴憲等，其重要的武裝力量被禁止集結(jié)進(jìn)京，兵力處于劣勢(shì)。在后白河天皇陣營，以藤原忠通和信西為首，除了平清盛和源義朝之外，還集結(jié)了源義康、源賴政、源重成、源季實(shí)、平信兼、平維繁等人，實(shí)力占據(jù)優(yōu)勢(shì)。
后白河天皇陣營經(jīng)過討論后，接受了源義朝的建議，決定先發(fā)制人。崇德上皇陣營的源為朝（源為義之子、源義朝之弟）雖然也曾建議先發(fā)制人，但最終沒有被采納。七月十一日清晨，后白河天皇一方兵分三路夜襲白河北殿，“保元之亂”正式爆發(fā)。崇德上皇陣營最初在源為義與源為朝等人的頑強(qiáng)抵抗下還能扛住平清盛等人的進(jìn)攻，但在后白河天皇陣營采用火攻戰(zhàn)術(shù)后，人數(shù)少的崇德上皇陣營陷入混亂，漸漸落入下風(fēng)。最后崇德上皇與藤原賴長等人在驚慌中逃走。
藤原賴長在戰(zhàn)斗中被流矢射中，身受重傷。他逃往奈良，試圖向父親藤原忠實(shí)求助。但藤原忠實(shí)揮淚道：“安有氏長者而殞命于矢刃乎！我不忍見此薄命兒也”，拒絕與藤原賴長會(huì)面。最終，藤原賴長在怨恨與無奈中咬斷舌頭后死去。藤原賴長之子藤原兼長、藤原師長、藤原隆長、藤原范長均遭流放。支持藤原賴長的藤原忠實(shí)本應(yīng)被流放，但他最終拒絕收留前來投靠的藤原賴長，并寫信給關(guān)白藤原忠通為自己辯白，因此在藤原忠通的求情下得以赦免。此時(shí)的藤原忠實(shí)對(duì)早年疏遠(yuǎn)藤原忠通的行為感到十分后悔，感嘆道：“不意關(guān)白愛我至此，悔我疎彼之日久矣，”重新讓藤原忠通擔(dān)任藤原氏長者。
也有觀點(diǎn)認(rèn)為，藤原忠實(shí)與“藥子之變”前藤原內(nèi)麻呂讓自己的兒子藤原冬嗣與藤原真夏分別仕奉嵯峨天皇與平城上皇一樣，有意讓藤原忠通和藤原賴長分別仕奉后白河天皇與崇德上皇。
藤原忠實(shí)于應(yīng)保二年（1162）去世，時(shí)年85歲。朧谷壽給予了藤原忠實(shí)極高的評(píng)價(jià)：“保元之亂后，攝關(guān)家確實(shí)失去了權(quán)力。但是，毫無疑問，藤原氏通過傳承知識(shí)得以延續(xù)。而功臣正是藤原忠實(shí)。他渡過了保元之亂這場對(duì)于藤原攝關(guān)家來說最大的危機(jī)，竭盡余力，為藤原氏鋪好了以后的道路。而且，在此之后，他的子孫不受與天皇家的外戚關(guān)系左右，一直繼承攝關(guān)家業(yè)。可以說，一個(gè)真正意義上的‘?dāng)z關(guān)家'從此誕生了。”
“保元之亂”后，崇德上皇逃到仁和寺，投奔同母弟覺性法親王，決意投降并出家。但是，崇德上皇卻被覺性法親王逮捕、關(guān)押。在“藥子之變”中，平城上皇舉兵失敗后落發(fā)為僧，并得到寬大處理。然而，與藥子之變的時(shí)代不同，在保元之亂的時(shí)代，形成了上皇無論是否出家，都可以實(shí)行院政的慣例。因此，出家并不能成為放棄權(quán)力的保證。此外，守仁親王一旦去世，作為中繼者的后白河天皇脆弱的統(tǒng)治根基將會(huì)崩潰，因此也不能排除崇德上皇作為皇室家長實(shí)行院政的可能性。
最終，崇德上皇被流放贊岐國，時(shí)人稱其為贊岐院。其子重仁親王則到仁和寺出家。崇德上皇被流放時(shí)，公卿、貴族無一人相從，只有重仁親王的生母兵衛(wèi)佐局及侍女一二人隨行。原先與崇德上皇關(guān)系密切的近臣們，因?yàn)楦髯远急慌刑幜肆鞣牛灾坏迷诙煽诟鎰e。而有幸能夠繼續(xù)留在京中的，也因害怕獲罪，不敢出門相送。這是自藤原仲麻呂之亂中淳仁天皇配流淡路國以來，時(shí)隔400年再次發(fā)生天皇（上皇）被流放的事件。
崇德上皇到達(dá)贊岐國后，過著被軟禁的生活。其間他投身于佛教信仰之中，親自抄寫了五部大乘經(jīng)（《法華經(jīng)》《華嚴(yán)經(jīng)》《涅槃經(jīng)》《大集經(jīng)》《大品般若經(jīng)》）送往京都，作為對(duì)戰(zhàn)死者的供養(yǎng)和對(duì)自己反省罪過的證明。但后白河天皇懷疑他是在詛咒自己，拒絕接受并退回。被激怒的崇德上皇咬破自己的舌頭，在退回的經(jīng)卷上寫下“愿化身大魔王煩擾天下”的血書，繼而在詛咒中憤懣而死。
崇德上皇去世后，成為日本著名的四大怨靈之一。當(dāng)時(shí)的人們認(rèn)為此后接連不斷的災(zāi)禍皆與崇德上皇的詛咒有關(guān)。如平安京遭遇大火、與崇德天皇對(duì)立的朝臣接連死亡以及頻繁發(fā)生的戰(zhàn)亂等。崇德上皇的怨靈與平安時(shí)代初期桓武天皇的弟弟早良親王的怨靈有著同樣的性質(zhì)，都是天皇家的怨靈。而且，“崇德”這一追贈(zèng)的謚號(hào)，很可能也是考慮到早良親王（崇道天皇）而起的。從早良親王、菅原道真、平將門和崇德天皇這“四大怨靈”可以看到，平安時(shí)代的“不平安”。自崇德上皇怨靈登場開始，平安王朝逐漸走上覆滅之路。
此外，在“保元之亂”中戰(zhàn)敗的平忠正、源為義等人各自逃入深山之中。后來，他們聽說京城已經(jīng)恢復(fù)平靜，藤原賴長的兒子也沒有被判死刑，于是紛紛剃發(fā)投降。“藥子之變”后最重的刑罰是流放。然而，信西認(rèn)為他們罪大惡極，強(qiáng)烈要求處以極刑。最終，在日本歷史上屬于“傳說中的英雄人物”的源為朝免于一死，被流放到伊豆大島；平忠正被自己的侄子平清盛處死；源為義則被自己的兒子源義朝處死。這是自“藥子之變”以來350年間首次動(dòng)用死刑。同時(shí)，兒子處死父親這種有悖倫理、極其殘忍的事也給人們帶來了極大的震撼。
“保元之亂”的影響是巨大的，可以說是一起成為政治體制的分水嶺的事件。在“保元之亂”中，不僅攝關(guān)家的氏長者被殺、死刑被恢復(fù)、上皇被流放，而且使貴族們認(rèn)識(shí)到，皇族與貴族之間的對(duì)立，不依靠武士力量無法解決。然而，以武士來抗衡貴族，終歸只是一種“飲鴆止渴”的政治措施。自“保元之亂”后，武家在政治上的發(fā)言權(quán)得到了飛躍性的提升，而公家的影響力則逐漸下降，標(biāo)志著武士階層走上日本政治舞臺(tái)。
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大日本史 卷之一百四十六 列傳第七十三
https://miko.org/~uraki/kuon/furu/text/dainihonsi/dns146.htm#02
大日本史 卷之一百四十八 列傳第七十五
https://miko.org/~uraki/kuon/furu/text/dainihonsi/dns148.htm#01
